Varsinais-Suomen museonystävät ry:n jaostojen tehtävänä on ideoida ja toteuttaa omaan toimialaansa liittyviä tapahtumia, retkiä ja koulutusta. Tällä hetkellä yhdistyksessä toimii aktiivisesti kaksi jaostoa: arkeologia- ja matkajaosto.

Jaostot tiedottavat toiminnastaan jäsenkirjeiden yhteydessä.